Su sistema de funcionamiento generalmente insiste en determinar la actividad de una vía metabólica apartir de un sustrato que se incorpora a un medio de cultivo y que la bacteria al crecer incorpora o no.
Las pruebas bioquímicas han sido ampliamente utilizadas para diferenciar bacterias. Estas prácticas/pruebas se funda mental en demostrar si el microorganismo es capaz de fermentar azúcares, la presencia de enzimas, la degradación de compuestos, la producción de compuestos coloreados, etc. Aún bacterias fuertemente relacionadas pueden separarse en dos especies diferentes con base a pruebas bioquímicas. Por ejemplo, las bacterias enteritas gran negativos forman u grupo muy grande y heterogéneo cutis habitad natural es tracto gastrointestinal de humanos y otros animales.
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