Se conocen al menos 17 linajes principales (phyla) del dominio Bacteria, que derivan del estudio de cultivos de laboratorio, y otros muchos han sido identificados al secuenciar genes rRNA de Bacteria en hábitats naturales. El phylum filogenético más antiguo contiene el género Aquifex y géneros relacionados; todos ellos son quimiolitotrofos, oxidantes de hidrógeno e hipertermofílicos. Otros phyla próximos tales como Thermosulfubacterium, Thermatoga y la bacteria verde no del azufre (grupo Chloroflexus) también contienen especies termofílicas.
Después de las bacterias verdes no del azufre, vemos los deinococos y microorganismos afines, las espiroquetas, las bacterias verdes del azufre y fotoróficas, los grupos quimioorganotrofos Flavobacteria y Cytophaga, las que generan Plantomyces-Pirella y Verrucomicrobium, las Chlamydia y los géneros Nitrospira y Defferribacter.
El resto de los phyla de las especies cultivables de Bacteria incluyen a las bacterias Gram positivas, las Cianobacterias y las Proteobacterias.
Phyla
I-Proteobacteria
II-Bacterias Gram Positivas
III- Cianobacterias y proclorofitos
IV-Clamidias
V-Planctonmices y Pirelula
VI-Verrucomicrobios
VII-Flavobacterias
VIII-Grupo Cytophaga
IX-Bacterias verdes del Azufre
X-Espiroquetas
XI-Deinococos
XII-Bacterias verdes no del azufre
XIII y XIV-Bacterias hipertermófilas muy ramificadas
XV y XVI-Nitrospira y Defferibacter
Si quieren conocer más acerca de la filogenia, pueden consultar Biología de los Microorganismo de Brock, el cual pueden descargar en este enlace https://docs.google.com/file/d/0B_cb6QldrsgRYTlWQW5nSWVzMWc/edit
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